ここを参考にしてください。大体、東京ージャカルタで3万円程度です
http://www.flightshop.jp/ticket/city/JKT/TYO/Y.html
ここもなかなか良いかもしれませんね。
http://www.ab-road.net/smart/asia/indonesia/yogyakarta/air/search/463791/?root_type=01&site_code=01&smonth=9&sday=0&start_city_cd=TYO&destlist=JOG