BIOSの設定で、主電源OFF時にUSB電源をカットすればいいでしょう。
PCを消す前にハードウェアを安全に取り外すでOSでUSB機器を取り外してみてはどうでしょうか?
PS2_USB_PWR1ジャンパのピンを 2-3(+5VSB) から 1-2(+5V) に変更。
PS2コネクタの真後ろあたりにあるはず。
http://www.asrock.com/mb/manual.jp.asp?Model=G31M-GS%20R2.0
ただし原理上キーボード上の電源キー(あれば)での起動などはできなくなります。