PHPﾘｸｴｽﾄを実行しているApacheﾌﾟﾛｾｽが生き残ったまま次のﾘｽｸｴｽﾄに入っているのではないでしょうか｡
apache_child_terminate関数でﾌﾟﾛｾｽを切ってみてください｡
http://php.net/manual/ja/function.apache-child-terminate.php

実際に､どの部分がどの程度の時間がかかっているかを
調べたほうが良いと思いますよ｡

1回のﾘｸｴｽﾄで2秒とか､10秒とか言っても
どの部分がﾈｯｸになてるとかがわからないわけですから｡



■ｺﾈｸｼｮﾝとかの
DB接続のためのｺﾈｸｼｮﾝとかその周り系
ｺﾈｸｼｮﾝﾌﾟｰﾙとか使ってる場合とか･･･｡
このあたりで､待ちが生じて時間がかかっている場合｡


■ﾙｰﾌﾟしてるなら
＞PHPであるﾍﾟｰｼﾞの情報を取得し､それをMYSQLに保存するような内容です｡

ﾙｰﾌﾟとかしてるののなら
毎回のﾘｸｴｽﾄで､何回ﾙｰﾌﾟしてるのかを出力して確認してください｡

処理秒数と比例する回数､ﾙｰﾌﾟしていることもあり得ます｡


変数が破壊されてとか
初期化をしてないとか
そういうのもあり得るかと｡