SD力一ドのデータを消すでバックアップ自体は消せますが。ファイルは消せないはずです。
SDカードをPCで読み込んで、フォルダを開き、消したいファイルを右クリックして、「消去」とかそういうようなのをクリックじゃ駄目でしょうか?