下記のように設定したのですがうまくﾘﾀﾞｲﾚｸﾄされませんでした

これだけでは､どのような動作を想定しているのか 分かりにくいです｡
URIの例と希望動作を書いてもらえると 答える側としては回答がしやすいです｡
ちなみに ﾛｸﾞには､なにか記録されていましたか？

ﾘﾀﾞｲﾚｸﾄの希望動作が､

/hogehoge/cgi-bin 以下のﾌｧｲﾙへｱｸｾｽした時は､ﾘﾀﾞｲﾚｸﾄしない｡
それ以外の時は､ﾘﾀﾞｲﾚｸﾄする｡

と推測して､回答します｡
異なっている場合は､ｺﾒﾝﾄで､質問内容を補足してください｡

質問に書かれている != の場合､URI が､｢/hogehoge/cgi-bin｣に完全一致した場合以外は､すべてﾘﾀﾞｲﾚｸﾄされると思います｡

推測した条件で､ﾘﾀﾞｲﾚｸﾄしたい場合は､ != (一致しない)を !~ (含まない)に 変えたら良いと思います｡

http://nginx.org/en/docs/http/ngx_http_rewrite_module.html

P.S.
細かいことですが､例示用URLを書く場合のﾄﾞﾒｲﾝは､hogehoge.com ではなく example.com 等の例示用ﾄﾞﾒｲﾝを使いましょう｡ ( http://www.atmarkit.co.jp/fwin2k/win2ktips/801exampledom/exampledom.html )