この文章では､｢ある人が海上保安庁の船に傷をつけた事は器物損壊罪ではない｣と言った人がいる､という事実しか明示されていません｡なので､それが実際に器物損壊罪と見なされたかどうかをもってのみ､次に挙げられた事例の判断材料とする事ができる訳です｡一方､ﾊﾟﾄｶｰを意図的に石で叩きまくる行為は､通常器物損壊罪と見なされる可能性は高いと思います｡この二つ事例の解釈を比較する為には､それぞれの事例をその様に判断･処理した理由を確認する必要があります｡

一般に､2つの犯罪を同時に行った場合､特定のものを除き刑罰の重い方だけで処罰します｡
器物損壊罪は微罪ですので､不法入国とかで処罰した場合は不問に付せられます｡
また､超法規的処置なるものがあり､法務大臣がうんと言えばﾊｲｼﾞｬｯｸですら不問となります｡
で､有象無象がﾊﾟﾄｶｰを傷付けたような場合は袋だたきに遭います｡器物損壊罪にもならないでしょう｡公務執行妨害かなんかだな｡