CDの中の2曲(例えば1番と3番)を､映像と並行して1曲目を再生ｽﾀｰﾄさせ､1曲目が途中まできたらその音声を下げ､2曲目の途中から最後まで再生する方法､異なる2曲を途…

これは動画を作成したいということでしょうか｡(的外れならご指摘下さい)
Windowsに標準で付いているﾑｰﾋﾞｰﾒｰｶｰで出来る範囲だと思います｡
使い方はこちらなどを参考にして下さい｡

0．CDをﾘｯﾋﾟﾝｸﾞして､MP3ﾌｧｲﾙ等にしておく
1．映像ﾌｧｲﾙをﾄﾞﾗｯｸﾞ＆ﾄﾞﾛｯﾌﾟしてﾑｰﾋﾞｰﾒｰｶｰに読み込み､ﾋﾞﾃﾞｵ欄に更にﾄﾞﾗｯｸﾞ＆ﾄﾞﾛｯﾌﾟ
2．その映像に音声が入っているなら､ﾋﾞﾃﾞｵ欄の+をｸﾘｯｸして､ｵｰﾃﾞｨｵ欄の長方形を右ｸﾘｯｸしてﾐｭｰﾄ(無音)にする
3．1曲目の音楽ﾌｧｲﾙをﾑｰﾋﾞｰﾒｰｶｰに読み込んで､ｵｰﾃﾞｨｵ/音楽欄にﾄﾞﾗｯｸﾞ＆ﾄﾞﾛｯﾌﾟ｡その長方形を選択した後､右辺にｶｰｿﾙを持って行くと⇔が出るので､終わらせたい部分まで縮める｡そしてその長方形を右ｸﾘｯｸして､ﾌｪｰﾄﾞｱｳﾄを選ぶ
4．2曲目のﾌｧｲﾙも同様に長さを合わせる｡左辺にｶｰｿﾙを持って行くと⇔が出るので､始まらせたい部分まで縮める(多分動画の終了と合わせた時間にしたいという意味ですよね)｡必要なら､右ｸﾘｯｸしてﾌｪｰﾄﾞｲﾝを選ぶ｡
5．ﾌｧｲﾙ→動画の発行

ちょっと説明をはしょりましたので､わからない部分があればｺﾒﾝﾄで追加質問して下さい

わざわざｼｽﾃﾑと断っていると言うことは､自動化前提でしょうか?

機械で本気でそういうことをしたければ､舞台音響などに使うようなﾐｷｻｰが必要な気がします｡全手動でいいなら適当に､ｽﾃﾚｵ入力が複数あるﾐｷｻｰならどれでもいいですが､自動化するとなったらそうも言ってられなくなりますね｡外部ｺﾝﾄﾛｰﾙ可能なものか､事前にﾌﾟﾛｸﾞﾗﾑ可能なものが必須ってことに｡

自動化だったらこんなのとか：
http://proaudio.yamaha.co.jp/products/mixers/imx644/index.html

機材は不問･とにかく実現できさえすれば手段不問だったら､ｿﾌﾄでやるのが安直でしょう｡

PCｿﾌﾄでやる場合の例
http://my.reset.jp/~triton/SEP.htm

しょうもない話ですが､1枚のCDに入っている曲でｸﾛｽﾌｪｰﾄﾞしたければ､あらかじめｺﾋﾟｰしておかないとだめでしょう｡PCでやる場合はMP3やWAVにしておけば済みますが､ﾐｷｻｰを使う場合はCDが2枚にﾌﾟﾚｰﾔｰも2台必要になりますね｡けっこう大がかりなことになりそう｡

Vestax DJ Dual CD Player CDX16がｶｯﾄｲﾝ機能がついています｡
http://ameblo.jp/act-210m/entry-10769658403.html
海外ｻｲﾄやｵｰｸｼｮﾝなどに出回っています｡
http://www.soundstore.co.nz/p-2746-vestax-cdx-16-dual-cd-player.aspx
DJ用CDﾌﾟﾚｲﾔｰならだいたいｶｯﾄｲﾝ機能がついていると思います｡(ご自身で確認してください)
http://unkar.org/r/dj/1143876688