ブラックを初期化すると、ドリームワールドの設定を最初からにする為、前のドリームワールドのデーターは使えなくなります。ポケモンを起こして、必要なポケモンは別のソフトに送ってから初期化するといいでしょう。
初期化してしまうと、ドリームワールドも初期化されてしまいます・・・ポケモンをソフトにうつして初期化したらどうですか。