ﾃｷｽﾄﾌｧｲﾙを拡張子 ttl で保存し､TeraTermから開けば自動実行されます｡
http://sourceforge.jp/magazine/10/01/08/0825239

ｼｪﾙｽｸﾘﾌﾟﾄとして､動かすのが良いと思います｡

ｺﾏﾝﾄﾞを書いたﾃｷｽﾄﾌｧｲﾙを ftp などで､接続先のﾎｽﾄに送ります｡
転送したﾌｧｲﾙを､ｼｪﾙで実行します｡
転送したﾌｧｲﾙの名前が "hoge" だとしたら

% csh hoge

とか

$ sh hoge

です｡

もし､ﾌｧｲﾙを転送する手段が無ければ､Tera Term で vi を起動して､
ﾃｷｽﾄﾌｧｲﾙの内容をｺﾋﾟﾍﾟして､ﾎｽﾄのﾌｧｲﾙを作れば､良いと思います｡

teratermはこのようなﾏｸﾛを書けば､ぜんぶ自動で実行できます｡

たとえば､ﾏｸﾛの例
http://www.telejapan.com/af/wiki/wiki.cgi?page=TeraTerm%A5%DE%A5%AF%A5%ED%A4%C7Shell%A5%B9%A5%AF%A5%EA%A5%D7%A5%C8%BC%C2%B9%D4

ﾏｸﾛの書き方
http://netguide.sakura.ne.jp/teraterm.html

ﾏｸﾛの実行の仕方､windowsで
http://www.j-oosk.com/teraterm/macro/173/

ｺﾏﾝﾄﾞの終了を待たずに連続してｺﾏﾝﾄﾞを送信していいのならば､
1. Tera Termのｳｨﾝﾄﾞｳにﾃｷｽﾄﾌｧｲﾙをﾄﾞﾛｯﾌﾟする
2. ｢ﾌｧｲﾙ送信｣を押す
で行えます｡

一行ずつ終了を確認する必要が有る場合はﾏｸﾛを作る必要があります｡