会社の車で事故なら､会社にお金は行くはずなのに､事故った人が､貰える場合､ほぼ保険通さず､示談で通してしまったと､思われます｡案外後で請求される場合があるので､一端会社にお金渡した方が良いと思お居ます｡
まぁ､最低限『ﾄﾞﾗｲﾊﾞｰ保険』は入っていた方が良いですね｡

事故の責任が相手側にある場合､業務災害ということで労災保険が適用される場合があります｡
いずれにしても､事故処理は双方の会社同士で行うのが原則です｡

賠償金は､車の修理費と治療費と就業損害の補償金として受け取ったのでしょうか｡
会社に渡さないと後で会社から請求を受けると思います｡
労災を使わなかったということであれば､あなたの支払いに関しては会社が補償してくれる筈です｡

会社の担当者と相談した方が良いと思います｡

車自体の賠償金は会社へ支払います｡というより､保険会社や相手はすでにそうしているはずです｡
あなた個人へ払われる賠償金は怪我などに対してなので､あなたが受け取ります｡
なお､労災であっても相手に責任がある第三者傷害なので､労災自体も相手へ請求し､結果としては同じ事ですから労災ではなく相手から休業補償や慰謝料をもらって下さい｡
(保険屋は自身の支払いが早くなるから嫌がるけどね｡被害者にはそんな事関係ないですね)
ただし､
労災特別給付2割分に関しては､加害者と関係なく出ますので自身の会社に手続きしてもらって下さい｡
つまり､休業補償は12割受け取れる計算になります｡
(加害者には関係ない事ですから､慰謝料に影響させないように､)
http://soum.boy.jp/keiri-tetoku.html
また､損害賠償や慰謝料は所得税の対象外､非課税ですから申告義務はありません｡
http://www.nta.go.jp/taxanswer/shotoku/1700.htm