私はﾊﾝﾄﾞ部に所属していましたが､練習についていけずに中一の秋に退部しました｡
辞めると決めたときは､先輩や同級生との関係を壊してしまわないか不安でした｡でも正直に理由を話して挨拶をしたら､みんなは笑って私を送り出してくれました｡
今でもﾊﾝﾄﾞ部の部員とはよく遊んでいます｡顧問の先生とも気まずくなっていません｡

今所属している部活が嫌なら､すぐに辞めたほうがいいと思います｡暗い気持ちで部活に参加していてもみんなに心配させてしまうでしょうし､自分にもよくありません｡
ただ､何も言わずに辞めたり､部員と喧嘩をしたまま辞めるなんてことは絶対にしないでください｡人間関係を悪化させてしまいますから･･･｡
退部には相当の覚悟が必要です｡特に入部したい部活の顧問の先生に相談するときは､自分の意思をしっかりと言えるようにした方がいいですよ^^

内申書に響くかどうかは学校によっても様々ですが､あまり気にしないで大丈夫だと思います！