私はﾃﾞｻﾞｲﾅｰではありませんが､仕事の一部として
絵や図を描いていますので､回答させていただきます｡

｢ﾌｫﾝﾄのｱｳﾄﾗｲﾝや透明効果を確実に狙った通りに出す｣
ためにﾗｽﾀﾗｲｽﾞされているとのことですが､
この仰せの意味が私には理解できませんでした｡私の知識では
ﾌｫﾝﾄのｱｳﾄﾗｲﾝ化(ﾃｷｽﾄ情報を破棄し
輪郭を純粋なﾍﾞｸﾀｰ図形ﾃﾞｰﾀに変換)さえ忘れなければ
ﾍﾞｸﾀｰﾃﾞｰﾀが最も｢確実に狙った通りに出す｣ために
最適なﾃﾞｰﾀだと思います｡

ﾗｽﾀﾗｲｽﾞされたﾃﾞｰﾀを用いた場合に生じる
問題点としては､主に以下のものがあると思います｡

?????
もし貴方の作成されたﾃﾞｻﾞｲﾝを…

(1) 拡大縮小せず原寸大で用いる場合

出力ｻｲｽﾞに見合う解像度は､当然元ﾃﾞｰﾀと同じ300dpiです｡
一方､一般的な商業印刷用の出力解像度は
ｶﾗｰ(CMYK)の場合175lpi(lines/inch)が標準的です｡
これを｢175線印刷｣と呼びます｡
300dpiはこの175lpiよりも高い解像度ですから
一見問題無さそうですが
元ﾃﾞｻﾞｲﾝにより忠実な出力を求める人は
175の倍の350dpiでﾃﾞｰﾀを作成します｡
それによって､元ﾃﾞｰﾀ上の2x2=4ﾄﾞｯﾄがちょうど
出力の1ﾄﾞｯﾄにｽﾞﾚ無く対応する様にできます｡
余り意味は無いかとは思いますが､
525dpi以上の175の倍数でも同様に
元ﾃﾞｰﾀと出力のﾄﾞｯﾄをｽﾞﾚ無く対応されられます｡

(2) 拡大縮小等の加工をした後に用いる場合

特に､拡大して用いる場合が問題になります｡
出力ｻｲｽﾞに見合う解像度は300dpiよりも低くなり
出力機の解像度175lpiとの差が小さくなります｡
(最悪､拡大率が大きければ両者の大小関係が逆転します｡)
すると､出力結果は｢荒れて｣来ます｡
どの様に｢荒れ｣るのかは､Photoshop等を使って
300dpiの画像をそれよりも低い解像度で
いろいろﾘｻﾝﾌﾟﾘﾝｸﾞしてみればご自分で確認できます｡
(あるいはﾗｽﾀﾗｲｽﾞ結果をIllustratorにｲﾝﾎﾟｰﾄして
低解像度で再ﾗｽﾀﾗｲｽﾞしてもOKです｡)
縮小する場合でも､元ﾃﾞｰﾀの｢整数分の一｣で
縮小しなければやはり｢荒れ｣ます｡
変形(単なる回転も含む)操作が加われば
もっと｢荒れ｣は酷くなります｡
?????
175dpiの整数倍で作成したﾃﾞｰﾀが
175線の商業印刷の出力機によって
原寸大に印刷されることが確定しているのならば
ﾗｽﾀﾗｲｽﾞﾃﾞｰﾀを用いることは
さほど問題にならないとは思いますが､
それ以外のｹｰｽでは､ﾍﾞｸﾄﾙﾃﾞｰﾀで出稿するのが
(少なくとも我々の業界では)極一般的です｡

説明が上手く出来ていないかも知れませんが
お解りいただけましたでしょうか？