以下のサイトの記事を読んで、この内容が理解できるのであれば大丈夫ではないかと思います。
理解していると思いますがAWSのEC2はコンピュータ基盤にOSが用意されているだけですので、PHPやMySQL等のインストールや設定は自分でやらなければいけませんし、環境構築した後の運用(ミドルウェアがダウンしたり、遅くなったりした時の対処等、一般的な運用全般)は自分でやらないといけないので、広範囲なWEBアプリケーションサーバの知識が必要になりますよ。
【AWSインスタンスの作成】
http://www.slideshare.net/satoshi1977/aws-ec2-20111124
または
http://www.slideshare.net/AmazonWebServicesJapan/aws-basic-20120629
【LinuxでApache、PHP、MySQL等インストール】
http://tech-gym.com/2011/04/%e3%82%b5%e3%83%bc%e3%83%90%e3%83%bc/262.html