Windowsだとﾃﾞｨｽｸの管理でNTFS
Macだとﾃﾞｨｽｸﾕｰﾃｨﾘﾃｨでｼﾞｬｰﾅﾘﾝｸﾞ

どちらのOSでも標準で付属しているﾂｰﾙでﾊﾟｰﾃｨｼｮﾝの分割ができます｡
購入した外付けHDDにｿﾌﾄが付属している場合もありますが､ほとんどのｿﾌﾄはWindows用のみです｡
非商用の個人利用のみ無料で利用できるﾌﾘｰｿﾌﾄもあります｡

｢EASEUS Partition Master Home Edition｣
http://www.forest.impress.co.jp/lib/sys/hardcust/defrag/easeuspart.html

私だったら､Win､Mac共用用にFAT32､Win用にNTFS､Mac用にHFS+｢Mac拡張(ｼﾞｬｰﾅﾘﾝｸﾞ)｣でそれぞれﾌｫｰﾏｯﾄします｡
FAT32は1ﾌｧｲﾙ4GB以下の制約がありますが､そんなに大きなﾌｧｲﾙは扱わないので十分です｡
HFS+には､Macでﾌｫｰﾏｯﾄする必要があります｡

｢Disk Utility 12.x: ﾃﾞｨｽｸにﾊﾟｰﾃｨｼｮﾝを作成する｣
http://support.apple.com/kb/PH5831?viewlocale=ja_JP

｢外付けHDDはどのﾌｫｰﾏｯﾄがﾍﾞｽﾄか?｣
http://macfan.jp/guide/2009/12/03/hdd_4.html

｢4GB以上のﾌｧｲﾙをWinとMacでやり取りする為の覚え書き｣
http://cubismer.blogspot.jp/2011/02/4gbwinmac.html


※4GB以上のﾌｧｲﾙを共有したい場合は､WinがXP SP2以降でMacが10.6.5以降なのでしたら､FAT32の代わりにexFATという選択肢もいいようです｡

｢Mac(特にLion)とWindowsの共存環境にはNTFSよりexFATの方が良かった件｣
http://blog.livedoor.jp/ottorigatana/archives/6048543.html

｢MacとWindowsで外付けHDDを共有するなら｢exFAT｣ﾌｫｰﾏｯﾄが最強！｣
http://www.lifehacker.jp/2012/07/120730exfatfile.html