研究所や研究部・質問者が言ってるように○○研とも言います。
「開発部」ですね。
私の経験ですが地名で呼んでおりました。大きなところですと研究所は分社化しておることが多いと存じます。私の狭い範囲の経験ですが研究所は割と都心から離れたところにロケーションされることが多いのではないかと思われます。社内では研究所が所在する地名では他の部署がありませんでしたので自然と研究所を指す呼び方になっておったようです。