PHPExcel_Chart というクラスがあるみたいです。
http://synergica.co/tr/Documentation/API/PHPExcel_Chart/PHPExcel_Chart.html
サンプルはついてないみたいですね。
コードの雰囲気だけですが、こんなのがありました。
I've also spent the last few days playing with creating charts from scratch.
http://phpexcel.codeplex.com/discussions/357013#PostDetailsCell_843481
...
mdryan という方が書いているコードが、それっぽい気がします。
http://2-1b.com/archives/20
こちらを参考にしてみてはいかがでしょうか。