エネループなどの充電池が良いと思います。メーカーによる違いはあまり大きくありませんので安いところのものでよいのでは?ただ,電圧がアルカリなどの電池と減り方が違いますので,急に弱くなったと感じるかもしれません。今の充電池はメモリーが起きにくくなってますが,それでも使い切ってから充電した方が繰り返し充電による電圧低下は起きにくくなると思います。
ただ,電圧が上がるとローター部分のモーターが発熱する場合があるので,パワーを求めるならミニ四駆などのモーターに変えるのも一つかと。実は僕もパートナーに喜んでもらおうと電池ボックスを付け替えてパワーを上げたんですが「なんか熱くなってきてる(・・;)」と言われたことがあるので。
充電式のニッケル水素電池(エネループなど)は1.2Vで、アルカリ電池は1.5Vですから、新品を入れた場合のモーターの勢いはアルカリ電池が優ります。懐中電灯や電気カミソリなどはどちらを使っても単に弱い、強い、という違いだけですが、エアコンのリモコン等、ニッケル水素電池では電圧が低すぎて動作しないものもあります。たとえば乾電池式スマートフォン充電器ではアルカリ電池専用の物とアルカリ電池・ニッケル水素電池兼用のものははっきりとパッケージに書いてあります。低い電圧でも動作できるように設計されているわけです。
一方のコストですが、古い計算ですが
http://www.funatsudenshi.com/toshi_nishida/diy/080914denchi/denchi.html
寿命を加味した充電器の代金を含めても、アルカリ電池の電力当たりのコストはニッケル水素電池の約12倍となり、長く使うならニッケル水素電池が安くなります。
http://www.singspiel-blog.com/blog/experiment-1.html
アルカリ電池の各銘柄について比較している人が居ました。役に立つ情報。
ローターは電池切れたら新しいの買った方が色々よかったりするよ
400円未満なんだし
電気コードがあるものを粘膜近くで使ってるんだし、ケチっちゃダメだと思う