UserAgentではじくようになった､ということですね｡
はじく設定は以下｡
ｱｸｾｽﾛｸﾞの収集制御 – 無駄なﾘｸｴｽﾄを除外する | 技術系とっかかり備忘録

可能性として考えられるものをいくつか｡

• ﾘｸｴｽﾄ先が静的な HTML ではなく､PHP などのﾌﾟﾛｸﾞﾗﾑが返しており､ある時期からﾌﾟﾛｸﾞﾗﾑで UserAgent をﾁｪｯｸするようになった
  ｽﾃｰﾀｽが 500 (Internal Server Error) なので､一番しっくりくる｡
  
  
• RewriteCond で UserAgent を確認して､RewriteRule でｴﾗｰﾍﾟｰｼﾞに飛ばされている
  ｽﾃｰﾀｽ 500 を返すように設定できるけど､何故､わざわざ 500 を選ぶのか､という疑問は残る｡
  
  
• SetEnvIf もしくは､BrowserMatch ﾃﾞｨﾚｸﾃｨﾌﾞで環境変数を設定して､Deny で拒否する
  これだと､403 (Forbidden) が返されると思うので､可能性は低い｡