メリット:アルファベット表記のドメインはつづり間違いや勘違い、ハイフンありなしがあるが、日本語なので覚えやすい
デメリット:携帯の一部は対応していない
あと逆アクセスランキングには「http://日本語.com/?」で載ってしまうんでしょうか?
ソフトによると思います。
対応していれば変換して表示すると思いますが、
対応していなければ変換できませんからそのままでしょう。
ただ、世の中refererがpunycodeでないものもあるらしく、その場合にどうなるか分かりませんが、ソフトや環境次第ではないでしょうか。