それが謎とされています(殴
「自分がエヴァに乗れば認められ、乗らなければ 見捨てられる」。
からじゃないですか?
シンジ君自体がレイの予備扱いだったためではないでしょうか?
また、「人類最後の切り札」かつ「起動確率は0.000000001%」と言われるエヴァを動かすには、可能性が少しでも高いほうを乗り込ませたかったと考えられます。
よく考えると・・・初戦はシンジくんではなく アスカを最初から呼んでおけばよかったんですね。
昔、シンジ君のママンがエヴァに食われてしまって、エヴァにはママンが入っている訳です。
だからエヴァはシンジ君を守ろうとするし、起動して命令も聞くのです。
劇場版破の、ラスト(クライマックス)で
シンジ君はレイを助ける為にエヴァと融合(覚醒)しましたよね。
レイは、ユイ(シンジ君の母)のクローンなので、
ゲンドウは、シンジ君または誰かがピンチの時に
何か行動を起こしてくれると思っていたのではないでしょうか?