メールの管理をしたいと思ったことがあまりないのですが、なにかメーラーをお使いでしたら、自動振り分けでフォルダに振り分ける。GMailをお使いでしたら、同じくフィルタ機能を使って、ラベルを設定する。といった感じではいかがでしょうか?