すみません。税務には詳しくありませんので、参考まで。
税理士さんによって、書く欄が異なることは、確かにあります。
私は税務には詳しくはありませんので、その際には、法律の解釈や運用にはある程度の幅があるので、どちらもあっているものと理解しています。
ですので、税理士さんの作成もソフトの作成もどちらも間違えとはいえない範囲の解釈の違いと考えてはいかがでしょうか。
過去の税理士さんが作ってくれた別表を見ると、?の金額を?に転記していて、それで税務処理が完了しているのですから、今回も同じ対応でOKだと思います。
前期に増加させているので?に記載され、今期に繰り越されています。
よって?に記載され、申告ソフトはその13円に対して何の処理もしていないから?に同額を記載させています。
何らかのアクションを起こしてあげないとずーと残ります。
実際には今期中に13円に対して何らかの会計処理をしているはずなので、?に記載して減算処理を行い、?は0にします。
(2)については、今期にどのような処理を行ったか分からないので答えようがありません。