なぜ､このようにﾌｧｲﾙを置く場所を分けるのでしょうか？

ｻﾌﾞﾄﾞﾒｲﾝ毎にｻｰﾊﾞを分けているｹｰｽもあるでしょうし､ｻｰﾊﾞが同じｹｰｽもあります｡
SEO的に見ると､ｻﾌﾞﾄﾞﾒｲﾝはｻﾌﾞﾃﾞｨﾚｸﾄﾘと異なり､別ﾄﾞﾒｲﾝに近い扱いを受けます｡つまり､ﾒｲﾝﾄﾞﾒｲﾝとの間の被ﾘﾝｸ数がﾘﾝｸ価値に反映されます(ただし別ﾄﾞﾒｲﾝほどではない)｡つまり､SEO的に有利に働くｹｰｽがあるということです｡
しかし､むやみにｻﾌﾞﾄﾞﾒｲﾝを増やすと､ｽﾊﾟﾑ目的と見なされる結果になります｡

このような｢ｻﾌﾞﾄﾞﾒｲﾝごとにﾌｧｲﾙを置くｻｰﾊﾞｰを分ける｣？という仕組みはPHPで実現できるのでしょうか？

できません｡
ﾈｰﾑｻｰﾊﾞの設定によります｡

DNSのｻﾌﾞﾄﾞﾒｲﾝを定義する

http://www.atmarkit.co.jp/fwin2k/win2ktips/740dnsdelegate/dnsdelegate.html

■
sub1.example.com = 実ﾃﾞｨﾚｸﾄﾘ /public_html/example/sub1
sub2.example.com = 実ﾃﾞｨﾚｸﾄﾘ /public_html/example/sub2
sub3.example.com = 実ﾃﾞｨﾚｸﾄﾘ /public_html/example/sub3

ﾄﾞﾒｲﾝと実際の場所の関連付けは自由にできます｡
上記のようにも可能なので､ｻﾌﾞﾄﾞﾒｲﾝで見えていても､実際にはｻﾌﾞﾌｫﾙﾀﾞを作成しているだけとかいう運営方法もあります｡

ﾏｯﾋﾟﾝｸﾞ(関連付け)なので実際にどうなってるかは別です｡

■
ｻﾌﾞﾄﾞﾒｲﾝのﾏｯﾋﾟﾝｸﾞは､以下の2か所を設定することで行います｡
･DNSのﾈｰﾑｻｰﾊﾞｰのﾚｺｰﾄﾞ定義
･(ﾚﾝﾀﾙ)ｻｰﾊﾞｰ側の定義ﾌｧｲﾙ

PHPとは関係ないんですね｡

■
＞このようなｻﾌﾞﾄﾞﾒｲﾝの自動生成はどうやっているのですか？
＞(ﾃﾞｨﾚｸﾄﾘの生成ならできますが)

PHP側では､ﾃﾞｨﾚｸﾄﾘ生成しておいて
ﾏｯﾋﾟﾝｸﾞの定義の方で対応する方法があります｡

■http://ytimg.com という風にﾒｲﾝﾄﾞﾒｲﾝだけにして､その下のﾃﾞｨﾚｸﾄﾘで分けるので
はだめなのでしょうか？

ﾌﾞﾛｸﾞでも
ｱﾒﾌﾞﾛとかはてなﾀﾞｲｱﾘｰは､ｻﾌﾞﾄﾞﾒｲﾝ形式でなくて､ｻﾌﾞﾃﾞｨﾚｸﾄﾘ形式のURLでやっています｡

FC2､Seesaaなどのﾌﾞﾛｸﾞは､ｻﾌﾞﾄﾞﾒｲﾝ形式でやっています｡

ﾒﾘｯﾄもﾃﾞﾒﾘｯﾄもそれぞれあります｡
駄目かどうかは､要望などによります｡

＞または､ｻｰﾊﾞｰ管理に詳しいｴﾝｼﾞﾆｱを外注する必要があるのでしょうか？
ﾚﾝﾀﾙｻｰﾊﾞｰを借りてるのなら､ﾏﾆｭｱﾙがあればどこかに書いてます｡
また独自ﾄﾞﾒｲﾝを持っているのなら､ﾈｰﾑｻｰﾊﾞｰのﾚｺｰﾄﾞの追加方法に書かれています｡

独自ﾄﾞﾒｲﾝを持っていない場合は､勝手にｻﾌﾞﾄﾞﾒｲﾝを追加することは通常できません｡