本税の戻りになりますから別表四で減算できます。
「20」欄(法人税等の中間納付額及び過誤納に係る還付金額)に記入することができます。
加算金もしくは加算税の還付と解釈して、減算処理しなかったのではないでしょうか。
法人税の還付金は決算時の法人税申告書で減算しますか?
http://detail.chiebukuro.yahoo.co.jp/qa/question_detail/q1422442964
普通預金の利息の所得税の還付なので、法人税・住民税の還付金ではないので
益金として処理しなければなりません。
税理士は契約がないと聞けませんが
税務署はタダで聞けます。
私も不算入だとおもいます。
単純に、ミスと考えて、減算して良いと思いますよ。
http://okwave.jp/qa/q552946.html
こちらが参考になると思います。
還付金を受け入れている場合の申告書の書き方
http://www.site-plan.com/staticpages/index.php/20100218181348360