http://www.daiichi.gr.jp/publication/scientist/11.html

確かに公務員でなければ 賄賂罪は摘要されませんが､学校としての規定からは
反する行為ですよね｡

法律……というより､私立大学は国から私立大学等経常費補助金を受けています｡
http://www.shigaku.go.jp/files/s_hojo_h22a.pdf

一部とはいえ国から助成金を受けて運営されているという点では国立と変わらないことと､教育機関であることにより､社会的責任が付きまとうのでしょうね｡

営利法人であっても､社長個人と会社法人とは別人格であり､会社が負債を抱えて倒産しても社長個人には責任が無いのと同様に､会社の利益を個人の物にする事もできません｡
会社が発注する工事で個人的にﾏｰｼﾞﾝを受け取れば収賄であり､その額の分だけ会社へ損害を与えた事になります｡
(賄賂が無ければその分工事費が安くなるはず)
背任等に問われる事になります｡
まして､学校法人は補助金ももらい､税制での優遇もあるのでその収益に関しては制限があります｡
http://ja.wikipedia.org/wiki/%E7%A7%81%E5%AD%A6%E5%8A%A9%E6%88%90
原則非課税
http://www.mext.go.jp/a_menu/koutou/shinkou/07021403/003.htm
公益法人であり､一般の民間企業より公共性の高い団体ですから公立学校に準じた扱いになります｡
どの条文に違反とされているのかはっきり言えませんが､たぶん､40条4あたりかと｡
http://www.houko.com/00/01/S24/270.HTM
もちろん､他にも細々した部分に抵触すると思います｡
賄賂を受けた→所得が増えた→所得税申告しなければなりません｡
本当に受け取っていないなら冤罪ですが｡