SUPER 権限(rootなど)にてログインします。SQL入力欄に、
SET GLOBAL time_zone = '+9:00';
を入力して実行をすると時刻設定を行い、
SELECT now( );
を入力して実行をすると現在の時刻の確認が可能です。MySQL :: MySQL 5.1 リファレンスマニュアル :: 4.10.8 MySQL サーバのタイム ゾーン サポート