iOSのブラウザはいろいろありますが、cookieの削除機能が付いているものがほとんどだと思いますよ。標準のSafari以外にGoogle ChromeとPuffin Web Browserを入れていますが、それぞれアプリ内の設定に「Cookie、サイトデータ消去」「Cookieをすべて消去」というメニューがあります。
そもそもブラウザごとにクッキーを持っているってことであっていますか?
あっています。iOSのアプリはSafariとCookieを共有するか | code up