一例

<?php
// ﾃﾞｰﾀ
$id = array(1,2,1,3,2,1,3);
$data = array(10,20,12,25,10,14,5);
$sort = array(1,2,3,4,5,6,7);
// 集計準備
$cnt = count($id);
$sort_min = array();
$sum = array();
// 集計
for ( $i =0; $i < $cnt; $i++ ) {
 if (!isset( $sort_min[$id[$i]] )) $sort_min[$id[$i]] = $sort[$i];
 $sum[$id[$i]] += $data[$i];
}
// 出力
for ( $i =0; $i < $cnt; $i++ ) {
 echo $id[$i];
 echo ':';
 echo $data[$i];
 echo ':';
 echo $sort[$i];
 echo ':';
 echo ( $sort[$i] == $sort_min[$id[$i]] ? $sum[$id[$i]] : '--');
 echo "\n";
}

出力結果

1:10:1:36
2:20:2:30
1:12:3:--
3:25:4:30
2:10:5:--
1:14:6:--
3:5:7:--

質問にある求めたい結果が､質問にある主旨と違うような気がします｡
下記のｽｸﾘﾌﾟﾄをお試しください｡

<?php
$id = array(1,2,1,3,2,1,3);
$data = array(10,20,12,25,10,14,5);
$sum = array();

//集計用配列の初期化
$hoge = array();
for ($i = 0; $i < $n; $i++) $hoge[$i] = 0;

//集計
$n = count($id);
for ($i = 0; $i < $n; $i++) $hoge[$id[$i]] += $data[$i];

//配列$sumに代入
for ($i = 0; $i < $n; $i++) $sum[$i] = $hoge[$id[$i]];

//結果表示
echo 'id,data,sort,sum<br />';
for ($i = 0; $i < $n; $i++) {
 echo $id[$i] . ',' . $data[$i] . ',' . $sort[$i] . ',' . $sum[$i] . '<br />';
}
?>

たとえばﾃﾞｰﾀがこんな感じですと､

id,data,sort
----------------
1,10,1
2,20,2
1,12,3
3,25,4
2,10,5
1,14,6
3,5,7
8,6,8
15,7,9
12,29,10
8,32,11
5,1,12


以下のｺｰﾄﾞを実行することによって､

<?php
$id=array(1,2,1,3,2,1,3,8,15,12,8,5);
$data=array(10,20,12,25,10,14,5,6,7,29,32,1);


function transverse_matrix($array){
 return call_user_func_array('array_map',array_merge(array(null),$array));
}

$unique=array_unique($id);
$sum=array();

$table=array($id,$data);
$table=transverse_matrix($table);

foreach($unique as $u){
 foreach($table as $t){
 if($u == $t[0]){
 $sum[$u]+=$t[1];
 }
 }
}

print_r($sum);
?>

-----------------------
こういう結果が得られます｡

//配列sumの中身
Array
(
 [1] => 36
 [2] => 30
 [3] => 30
 [8] => 38
 [15] => 7
 [12] => 29
 [5] => 1
)

たとえばid=8の合計を得たい場合は､echo $sum[8]; とすれば38がでます｡
仮にidがcatとかdogであっても……つまりﾃﾞｰﾀﾍﾞｰｽが

id,data,sort
----------------
cat,10,1
2,20,2
cat,12,3
dog,25,4
3,5,5


みたいな形式であっても､上のﾌﾟﾛｸﾞﾗﾑを使えば
echo $sum['cat'];とすれば 4が出力されます｡

使用しているのがmysqlであれば､updateすることで変更を反映させることができます｡