質問の内容がよくわからないのですが､

･深い階層というか3DSは8階層までしか認識ができないので
それより深いところにﾌｫﾙﾀﾞ分けすると再生ができません｡
･ﾌｫﾙﾀﾞに入れないとMUSICとして自動でまとめられます｡
･使用できない文字は？で表示されますが､曲のﾌｧｲﾙ名は
どういうものでも､再生できるﾌｧｲﾙ形式なら再生はできます｡


取扱説明書の64ﾍﾟｰｼﾞあたりに詳しくありますので､
確認されたほうがいいかと思われます｡

取り敢えずMP3は再生できるから､

まあ3DSで再生できるﾌｫﾙﾀﾞになってればOKかと思われ｡