.ost ファイルは、キャッシュモードという名の通り、写しのデータです。
Exchange のメールは常にサーバにあり、メールの削除をしない限りは消えません。
一応、Microsoft のページの記載を。
オフライン Outlook データ ファイル (.ost) を再作成する
オフライン Outlook データ ファイル (.ost) は、Exchange 情報のコピーです。このファイルをバックアップする必要はありません。いつでも新しいコピーを作成できます。
http://office.microsoft.com/ja-jp/outlook-help/HA010354964.aspx#BM2
でも、手で消すのはちょっと怖い気もしますよね。
↓は、.ost ファイルの移動方法を説明した Microsoft のページです。
http://office.microsoft.com/ja-jp/outlook-help/HA010378297.aspx
この手順に従って、「Exchange キャッシュモードを使う」のチェックを外した状態で .ost ファイルに別のファイル名を割り当てれば、元の .ost ファイルをつかまない状態で Outlook を起動することができると思います。
Outlook がつかんでいない状態であれば、explorer からファイル名の変更ができるはずです(もちろん、削除も)。
Outlook で、正常にメールの受信 / 送信ができることを確認してから、ファイルを消せば良いと思います。