Skypeの一般設定の中にある｢ｺﾝﾋﾟｭｰﾀ起動時にSkypeを起動｣から選択が可能です｡

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Skypeのﾒｲﾝｳｲﾝﾄﾞｳの上部にある｢ﾂｰﾙ｣から｢設定｣を選択します｡

｢ｺﾝﾋﾟｭｰﾀ起動時にSkypeを起動｣のﾁｪｯｸを外し｢保存｣ﾎﾞﾀﾝを押します｡

ぽけっとしすてむさんの説明がﾍﾞｽﾄｱﾝｻｰだと思います｡
常駐ｿﾌﾄを区分するｿﾌﾄというのは､

自動的に立ち上がるｿﾌﾄは｢いじくるつくｰる｣で削除！ :教えて君.net
http://www.oshiete-kun.net/archives/2009/09/post_660.html

121ware.com ｻｰﾋﾞｽ＆ｻﾎﾟｰﾄ Q&A
｢Windows 7で常駐ｿﾌﾄを無効にする方法｣
http://121ware.com/qasearch/1007/app/servlet/relatedqa?QID=014407

等では無いかと思います｡

今回の場合はこれらのﾂｰﾙ等で整理するより､Skype側で設定した方が後々楽なので｡ぽけっとしすてむさんの仰るように設定された方が良いと考えます｡