確実にセーブする方法はわかりませんが最悪、電源をつけっぱなしにするのはどうでしょう?
こんなのはありました↓↓(yahoo知恵袋です)
http://detail.chiebukuro.yahoo.co.jp/qa/question_detail/q1095139975
セーブポイントとチェックポイントを勘違いしていませんか。
チェックポイントは、ゲーム中にゲームオーバーになったときに再開するポイントなので、チェックポイントを通過しても、中断した場合、その前のセーブ箇所からやり直しになります。
一方で、セーブポイント通過後は、中断してもセーブポイントからのやり直しになります。
セーブポイントを通過した際には画面上に「Saving…」という表示が現れるので、そこで判断できます。
chapter内ではある程度ゲームを進めないとセーブポイントにはたどり着かないので注意が必要です。
http://www.capcom.co.jp/support/index_game.html
サポートに問合わせてみるのはどうでしょうか。
バイオハザード6はバグが多いですね。
http://biohazard6.justaway.jp/index.php?%E3%82%B3%E3%83%A1%E3%83%B3%E3%83%88%2F%E3%83%90%E3%82%B0%E3%83%BB%E4%B8%8D%E5%85%B7%E5%90%88