htaccessにincludeはないです。同時に更新する必要があります。
1:一つのサーバのhtaccessファイルを設定する
2:PHP+cronで1分ごとにすべてのサーバにそのファイルをコピーする
1:PHPでブラウザ上からhtaccessを編集できるようなスクリプトを作り、更新ボタンを押したらすべてのサーバに上書きされる
別サーバへの更新にはPHPのssh2関数を使ったりします。
http://php-web.net/web/php-htaccess.html
こちらをみるのはどうでしょうか。