Xアプリは使っていますがそういうトラブルに遭ったことはないので想像になってしまうのですが、更新という作業が内部的に「削除」→「再インストール」という手順になっているのかもしれません。普通そういう風には作らないのですが、そうせざるを得ない場合がたまにあります。で、もし削除して再インストールする前の段階でPCが固まってしまった場合、再起動してみるとアプリが消えているということになるかと思います。