ｽｷｬﾝしたばかりでは､白い紙に黒い絵がかいてあるようになっているとおもいます｡
これを､白いところを透明にして､ｾﾙ画みたいにします｡手順はこちらにあるとおもいます｡
http://oshiete.goo.ne.jp/qa/4117503.html
(上の2つの段落にあるｸｲｯｸﾏｽｸは､ｺﾋﾟｰのまわりにはみでた黒い枠のことですので､無視してもいいです｡
要は､画像まるごとをｺﾋﾟｰして､新しいﾌｧｲﾙをつくってそこにﾍﾟｰｽﾄするときに､透明にしろと命令できるようです)

透明と黒の絵になってしまえば､あとは､あたらしいﾚｲﾔｰ(透明な紙)を一枚下につくって､そこに好きな色を塗れば､黒い主線が塗りつぶされずにすみます｡

http://hikagoro.blog50.fc2.com/?tag=%A4%B4%A4%DF%BC%E8%A4%EA
もしGIMPだけでなくSAIをもっていたら､ｽｷｬﾝで得た画像の｢輝度を透明度に変換｣するだけで一発で透明と黒の絵に変換することができます｡そこからGIMPにもっていってﾚｲﾔｰを下につくれば背景塗りができますよ｡というか最初からSAIを買うほうが楽…という話もありますねwとりあえずSAIは30日間は無料で試用できます｡