参考になりそうな､小さめのﾌﾟﾗｸﾞｲﾝがありました｡

console-grep

http://code.google.com/a/eclipselabs.org/p/console-grep/wiki/Main

特定のｺﾝｿｰﾙを監視して､指定した正規表現にﾏｯﾁした行だけを､別のｺﾝｿｰﾙに出力する､という感じ(grep というよりは､filter か)｡

ｿｰｽは､svn で取ってこれます(Webﾌﾞﾗｳｻﾞでも見られる)｡
http://svn.codespot.com/a/eclipselabs.org/console-grep/trunk/


ｺﾝｿｰﾙの内容を取ってくるあたりは､以下の三つを見ておけば大丈夫か､と｡

• ConsoleSelectionDialog.java ―― ｺﾝｿｰﾙは複数あるので､そのひとつを特定する方法
• GrepConsole.java ―― ｺﾝｿｰﾙに出力される文字列を取得する方法
• GrepConsoleFactory.java ―― 上記二つのｸﾗｽのﾊﾝﾄﾞﾘﾝｸﾞ

ざっくりと書くと､以下のような感じです｡

1. ConsoleManager から TextConsole を取り出し
2. TextConsole に IDocumentListener の実装をぶら下げて
3. documentChanged のｲﾍﾞﾝﾄで拾う

監視の必要が無く､あるﾀｲﾐﾝｸﾞでのｺﾝｿｰﾙの中身をﾄﾞﾊﾞっと取りたいということであれば､
IDocument#get() を使うことになると思います｡
IDocument ｲﾝﾀｰﾌｪｰｽについては､以下の javadoc を参考にしてください｡
Interface org.eclipse.jface.text.IDocument