体細胞すべての遺伝子が置き換わるということはありませんが、免疫系の細胞は骨髄移植の第一段階ですべて殺され、移植後に移植骨髄から新しく再生されます。
ですがから遺伝的な免疫異常に関しては骨髄移植により問題のある遺伝子を持った細胞をすべて置き換えられることになります。
骨髄を移植すると血液型までも変わってしまいます。当然移植される側は拒否反応を起こしますので、骨髄移植の前には白血球などを死滅させたうえで無菌室で移植を待つことになります。
現在の遺伝子治療は正常な、すなわちキズのついていない遺伝子を細胞に導入して、その導入された遺伝子より正常なタンパク質をつくらせて病気を治療しようというものです。
ではどの細胞にいれたらよいのでしょうか?本当は全身の細胞全て(約60兆ある)に遺伝子を入れられれば好いのですが生まれてしまったあと全ての細胞に遺伝子を入れるのは現在の技術では困難です。そこである一部の細胞に正常遺伝子を入れることによって病気の症状が良くなる、そのような細胞が遺伝子を入れる細胞の第一候補です。
http://www32.ocn.ne.jp/~megapon/iden/idensi1.files/idensi1.htm