1ﾍﾟｰｼﾞに複数の相互RSSを設置するとｽﾊﾟﾑと見なされる場合があるためです｡
原則として､1ﾍﾟｰｼﾞには1つの相互RSSです｡

＞記事ごとの最後にRSSのﾀｸﾞを挿入していますが､表示される記事と表示されない記事があります｡

＞単一記事に飛ぶと(記事名をｸﾘｯｸ)RSSは正常に表示されますので貼り方は問題ないと思います｡

ちょっと意味が分からないのですが､もう少し詳しく説明してください｡
表示されていない記事というのはあなたのﾌﾞﾛｸﾞの記事ですか？
それともRSSに表示されている記事ﾀｲﾄﾙの事ですか？

例えば､Livedoorﾌﾟﾛﾌには､複数ﾌﾞﾛｸﾞのRSSを取得して表示することができます｡

但し､元のﾌﾞﾛｸﾞのｻｰﾊﾞｰの都合で表示されたりされなかったりするｹｰｽもままあります｡

WordPress側でも取りに行ってはいるものの､相手先(Livedoor側)の都合でRSSの取得がうまくいっていないだけではないでしょうか？

WordPressのﾌﾟﾗｸﾞｲﾝも色々とありますので､RSSを取得するのに都合がいいものを探してきて表示させたらいかがかと思われます｡

使ったことはありませんが､､､
http://wordpress.org/plugins/rss-antenna/