iOSアプリ『[+]icon』(アイコン着せ替えアプリ)でパズドラのアイコンを変更する|プチ☆ショコラ621
このアプリを使用しましたか? このアプリを使用したものとして話を進めますが、別のアプリでもほとんど同じことが言えると思います。
リリスのアイコンの方は、『あくまで「ショートカット」であり、コピーでは無い』ということです。リリスのアイコンのアプリを起動すると真っ白か真っ黒の画面が出たあと、別のアプリに飛ばされるような感じになっていると思いますが、このときに、元のアプリを起動するようになっています。
つまり、リリスのアイコンのアプリは、元のアプリに切り替えるためのアプリで、ほとんど空っぽです。
元のアプリを消すことで、当然パズドラは起動できなくなりますし、セーブデータにもアクセスできなくなります。また、「作ったアプリのデータ」というものも、実際には存在しないので注意してください。
逆に、リリスのアイコンのアプリを消しても、ショートカットを消すだけですので、元のアプリに影響はありません。
元のアプリが邪魔な場合、何かフォルダを作ってそこにいれておくのが良いと思います。また、iPhone 4、4S、5かiPod touch 第5世代の場合は、今秋にある大型アップデートでフォルダに無限(でもありませんが)にアプリが入るようになるらしいので、覚えておくと良いと思います。