給与明細で給与と交通費に分かれていれば算入はおかしいです給与(交通費込)では給与なので算入します
支給額の内訳には関係ありません。あくまでも支給額に対しての算定で問題無いと考えます。交通費の支給は雇用者それぞれの考えで行っていることですからね。