コンパイルしてないんじゃないですか?
Eclipseをクリーン起動してみて下さい。
下記に手順が書いてあります。
http://apps.gemmiroid.com/2013/05/eclipse%E3%81%AE%E3%82%AD%E3%83%A3%E3%83%83%E3%82%B7%E3%83%A5%E3%82%92%E5%89%8A%E9%99%A4%E3%81%99%E3%82%8B%E3%80%82%EF%BC%88%E3%82%AF%E3%83%AA%E3%83%BC%E3%83%B3%E8%B5%B7%E5%8B%95%EF%BC%89/
私も同じことが起きていました。
特にLayoutやAnimationなどxmlしか変更していないと頻発!
エミュレータや端末に入っているアプリを一旦アンインストールして、
それからインストールし直すと直ることが多かったです。
細かい変更をしていないからかもしれないですが、
最近はあまり発生しないです。
EclipseもJDKも完全に入れ直したからかもしれないです。