ｽｸﾘﾌﾟﾄの部分だけですが､こんな感じで｡

window.onload = function() {
 var trs = document.getElementsByTagName("tr");
 var need_mark = false;
 for (var i = 0 ; i < trs.length ; ++i) {
 var ans = trs[i].children.item(3)
 re_ans = new RegExp("^[" + ans.innerHTML + "]");
 var ele_q = trs[i].children.item(2)
 var ele = ele_q.firstChild
 do {
 if (ele.nodeType == 3) {
 if (re_ans.exec(ele.nodeValue)) {
 need_mark = true;
 }
 } else if (ele.nodeType == 1 && ele.nodeName == "BR") {
 need_mark = false;
 }
 if (need_mark) {
 var wrap = document.createElement("span")
 wrap.style.backgroundColor = "#ffff00";
 wrap.className = "answer_marker"; // ★目印
 ele_q.insertBefore(wrap, ele);
 wrap.appendChild(ele);
 ele = wrap;
 }
 } while (ele = ele.nextSibling);
 }
}

// 装飾を消す処理です
function erase_marker() {
 var spans = document.getElementsByTagName("SPAN");
 for (var i = 0 ; i < spans.length ; ++i) {
 if (spans[i].className == "answer_marker") {
 spans[i].style.backgroundColor = '';
 }
 }
}

元々の window.onload の処理で背景色を黄色に指定した要素に目印(★)をつけておきます｡
装飾を消す処理では､目印を頼りに要素を探して､background-color を｢無し｣にします｡

関数名は､処理内容を表している方がﾒﾝﾃしやすいので､css() ではなく erase_marker() としました｡