function bの中身をaの最後に追加して実行しましたが動きませんでした

function a 最後が､このように記載されているのが､とても気になります｡

 wrap.appendChild(ele);
 ele = wrap;
 }} while (ele = ele.nextSibling);}}

function b の中身を以下のように追加していますか？

 wrap.appendChild(ele);
 ele = wrap;
 }} while (ele = ele.nextSibling);} // ★
 var box = document.querySelectorAll("td:nth-child(6)");
 for ( var i = 0; i < box.length; i++ ) {
 box [i].style.color = '#ffffff';
 } // ★
} // ★

ｺﾒﾝﾄで｢★｣を入れている辺りの､閉じる中括弧の数をとか､開くところとの対応を確認してください｡


余計なおせっかいかもしれませんが､中括弧の書き方のｽﾀｲﾙが良くないです｡
中括弧は処理のﾌﾞﾛｯｸを表すので､開始と終了がはっきりしていて､入れ子になっているのが分かるように､ｲﾝﾃﾞﾝﾄを入れた方が良いと思います｡
ｲﾝﾃﾞﾝﾄの空白は質問のｴﾘｱに書いたために消えているのでしょうが､閉じる中括弧が連続して書かれていることが､ﾐｽを誘発します｡

function a_and_b() {
 /* function a() */
 var trs = document.getElementsByTagName("tr");
 var need_mark = false;
 for (var i = 0 ; i < trs.length ; ++i) {
 var ans = trs[i].children.item(5);
 re_ans = new RegExp("^[" + ans.innerHTML + "]");
 var ele_q = trs[i].children.item(2);
 var ele = ele_q.firstChild;
 do {
 if (ele.nodeType == 3) {
 if (re_ans.exec(ele.nodeValue)) {
 need_mark = true;
 }
 } else if (ele.nodeType == 1 && ele.nodeName == "BR") {
 need_mark = false;
 }
 if (need_mark) {
 var wrap = document.createElement("span");
 wrap.style.backgroundColor = "#ffffff";
 wrap.className = "answer_marker";
 ele_q.insertBefore(wrap, ele);
 wrap.appendChild(ele);
 ele = wrap;
 }
 } while (ele = ele.nextSibling);
 }
 
 /* function b () */
 var box = document.querySelectorAll("td:nth-child(6)");
 for ( var i = 0; i < box.length; i++ ) {
 box [i].style.color = '#ffffff';
 }
}