＞10％ぐらいは､足りなくなっている

税務署に説明して納得させることが出来る根拠があるならば､それでも良いですよ｡
無理があるから質問してるのだとは思いますけど…｡

＞数を数えることは無理な状況

｢大量のﾈｼﾞを一本一本数えてなどいられない｣などの理由であれば､
それぞれの箱からｻﾝﾌﾟﾙをいくつか抜き出して重さを量って平均を取り､
全体の重量から本数を計算するなどで代用できないか考えてみてくださいな｡

取扱商品が判れば､より具体的な回答が来るかもしれませんが､
以上とりあえず｡

公開会社で事実と異なる報告をすると個人には､最高で10年の懲役と1000万円の罰金､法人には､最高で7億円の罰金です｡
担当者が徹夜をすればできることなら､必要な人数のｱﾙﾊﾞｲﾄを雇ってはいかがでしょう｡