divで囲んでfixedを指定してあげます。position?スタイルシートリファレンス
そこのは・・・<div id="main-header"></div>とHTMLでヘッダを定義してcssは・・・#main-header {position: fixed;top: 0;width: 100%;height: 76px;z-index: 9000;}ってなってますけど?