別に使っても良いと思いますよ。
うごくメモ帳3Dの運営者(任天堂)が駄目といっていることをやっては駄目です。任天堂からの利用停止措置、著作権者からの損害賠償請求がありえます。
ダメです。
著作権法には非営利目的の使用ならその著作物を(イメージ等を侵害しない限り)使用しても構わない、というのがかかれています
著作権法第38条のことだと思いますが、解釈を間違ってらっしゃると思います。
公表された著作物は、営利を目的とせず、かつ、聴衆又は観衆から料金(いずれの名義をもつてするかを問わず、著作物の提供又は提示につき受ける対価をいう。以下この条において同じ。)を受けない場合には、公に上演し、演奏し、上映し、又は口述することができる。
著作権法第38条 - Wikibooks
とあるとおり、できることは「上演し、演奏し、上映し、又は口述すること」だけです。うごメモにアップすることは「公衆送信」に当たるはずですから、これは認められません。
さらに言えば、キャラクターを使ったうごメモは2次著作物に当たると思われ、その行為は翻案です。これも非営利目的であっても認められていません。
著作権が制限される(キャラクターなどを使える)状況は以下のリンクを参照するといいと思います。
コンメンタール著作権法 - Wikibooks
任天堂が著作権を保有しているキャラクターであれば、イメージを壊さない限りは可能となっています。
しかし、許可されていない場合等のメモを投稿すると、最悪の場合損害賠償を請求される場合もあるので注意しましょう。