自分は｢ｷﾘｽﾄ者｣ではないので､例えば､聖書の解釈の違いとか､宗教的作法の差については分かりません｡
ぶっちゃけ､ｳｨｷﾍﾟﾃﾞｨｱで検索して比較した程度のまとめしか分からないという事でお許し下さい｡
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ｷﾘｽﾄ教諸派がどのように枝分かれしていったか､大まかなところは､ｳｨｷﾍﾟﾃﾞｨｱのﾌﾟﾛﾃｽﾀﾝﾄやﾋﾟｭｰﾘﾀﾝのﾍﾟｰｼﾞにある｢ｷﾘｽﾄ教諸教派全体からみた系統概略｣｢ﾌﾟﾛﾃｽﾀﾝﾄ諸教派(聖公会､ｱﾅﾊﾞﾌﾟﾃｽﾄを含む)の系統概略｣を見て頂くとわかるかと思います｡

◆ﾌﾟﾛﾃｽﾀﾝﾄ - Wikipedia
http://ja.wikipedia.org/wiki/%E3%83%97%E3%83%AD%E3%83%86%E3%82%B9%E3%82%BF%E3%83%B3%E3%83%88

宗教改革運動を始めとして､ｶﾄﾘｯｸ教会(または西方教会)から分離し､特に(広義の)福音主義を理念とするｷﾘｽﾄ教諸教派を指す｡

◆ﾋﾟｭｰﾘﾀﾝ - Wikipedia
http://ja.wikipedia.org/wiki/%E6%B8%85%E6%95%99%E5%BE%92

ｲﾝｸﾞﾗﾝﾄﾞ国教会の改革を唱えたｷﾘｽﾄ教のﾌﾟﾛﾃｽﾀﾝﾄ(ｶﾙｳﾞｧﾝ派)の大きなｸﾞﾙｰﾌﾟ｡市民革命の担い手となった｡日本語では清教徒と訳される｡

16世紀から17世紀にｲﾝｸﾞﾗﾝﾄﾞ国教会の中にｶﾙｳﾞｧﾝの影響を受けた改革派のﾋﾟｭｰﾘﾀﾝが勢力を持つようになった｡その中には国教会から分離せずに教会内部を改革しようとする者(長老派)と､国教会から分離しようとする者(分離派：他の教派との相互聖餐を拒否)､その中間に位置する者(独立派(英語版))がいた｡

○ 国教会から分離せずに教会内部を改革しようとする者
長老派
○その中間に位置する者
独立派
○国教会から分離しようとする者
会衆派
ﾊﾞﾌﾟﾃｽﾄ教会
ｸｴｰｶｰ
･分離派(他の教派との相互聖餐を拒否)
平等派(信仰の自由と民主主義を唱える市民･兵士)
第五王国派
真正水平派

◆会衆派教会 - Wikipedia
http://ja.wikipedia.org/wiki/%E4%BC%9A%E8%A1%86%E6%B4%BE%E6%95%99%E4%BC%9A

ｷﾘｽﾄ教のﾌﾟﾛﾃｽﾀﾝﾄの一教派で､他に会衆派､組合派､組合教会とも｡各個教会の教会政治において､会衆制とよばれる教会員の直接民主制に近い制度を採ることが特徴で､各個教会の独立自治を極めて重視する｡(下線 朝霞)
(中略)
会衆派教会の特色は､ｲｴｽ･ｷﾘｽﾄへの信仰に生きる会衆一同による会衆制と､各個教会こそが教会の基本的･本質的要素を担っているという確信による各個教会の独立自治とに体現される｡
(中略)
会衆派教会のいま

会衆派教会は､各個教会の独立自治が強く､もともと教派的な団結はあまり強くない｡各国にあった教派としての組織も､20世紀に入ってからのﾌﾟﾛﾃｽﾀﾝﾄ諸教派との合同によって独自のものは少なくなり､各国の合同教会の中で､会衆派の流れをくむ各個教会間の伝道協力のﾈｯﾄﾜｰｸとして残っているのが現状である(たとえば､日本における｢全国同信伝道会｣など)｡しかし､各国の合同教会の中で社会的な活動に熱心なのは､会衆派教会の流れを汲む教会であり､その点で会衆派教会の特徴を今でも際立たせている｡

日本における会衆派教会の歩みは､同志社の創立者である新島襄による伝道活動に始まる｡

会衆派について興味深いのが､教会を束ねて管轄する上部組織を設けず､教会の独自裁量に任されているという点でしょうか｡
また､同志社創立の新島襄氏が会衆派だったというのは知りませんでした｡歴史上の出来事はあまりにも多く､全て網羅仕切れない､概略だけでもかなり厳しいというのがひしひしと感じられます｡

さておき､ﾋﾟｭｰﾘﾀﾝでさえも､様々な要因で諸派に別れていったのだという感じですね｡

ということで､簡単な｢道しるべ｣ではありますが､参考になりましたら幸いです｡

id:Kaoru_A

清教徒がおっきいくくりで､会衆派は清教徒の中に含まれます｡
清教徒は英語でﾋﾟｭｰﾘﾀﾝといいます｡宗教改革の流れでもっとｷﾘｽﾄ教をﾋﾟｭｱにしていこうとしてたんですね｡

一言で言えば､
長老派は､上下関係厳しい｡牧師と長老がﾋﾟﾗﾐｯﾄﾞ型に組織をなしていて､教会の規律が重視されています｡英語名はPresbyterian Churchです｡Presbyterとはｷﾞﾘｼｱ語でElders､つまり老人･年長者の意味です｡
会衆派は､超民主主義｡万人祭司を徹底していています｡建前上は牧師と信徒に差はありません｡英語名はCongregational Churchです｡Congregationは人の集まりって意味ですね｡

ちなみに､長老派はﾌﾟﾘﾝｽﾄﾝ大学を建てた人たちであり､会衆派はﾊｰﾊﾞｰﾄﾞ大学､ｲｪｰﾙ大学を建てた人たちです｡もともと知的ﾚﾍﾞﾙの高い人だったんでしょう｡

ちなみにちなみに､同志社は会衆派､関西学院はﾒｿｼﾞｽﾄ､西南学院･関西学院はﾊﾞﾌﾟﾃｽﾄ､明治学院は長老派系列の大学です｡