営利法人の契約は自由ですから商法上違反ではありませんが､B社は利益分に課税され
A社は多分裏金としてｷｯｸﾊﾞｯｸを要求していると思います｡
そうしますとA社は脱税､B社は脱税幇助罪に問われ訴追されると思います｡

粉飾決算 - Wikipedia 脱税目的の逆粉飾決算だそうです｡脱税の罪の他､特別背任や､団体によっては財務諸表等虚偽提出罪があるようです｡ｹｰｽとしては入札など他人の目があるところで起ることがあるようです｡そうでなければ普通に値引きすればいいので｡B社はﾒｲﾝの得意先であるA社からは値引きを要求されているが外部の小口取引先にはもっと高い値段で売りたい場合にそういう作業を行うほうが得です｡
仮にA社側の発注担当者が300万円(もとは自社Aから出た金)のうちのいくらかまたは全部を会社にしらせず自分のﾎﾟｹｯﾄに入れてしまうのは業務上横領の罪だとおもいます｡横領･着服が発生しやすくなる状況が起りますので裏金自体をやめたほうがいいとおもいます｡
横領罪 - Wikipedia
裏金 - Wikipedia
賄賂 - Wikipedia官公庁の場合は賄賂ですが､企業だとやはり背任罪との記述