Adobe Acrobat およびAdobe Reader では､複数の PDF ﾌｧｲﾙを対象に文字検索をすることができます｡
http://helpx.adobe.com/jp/acrobat/kb/3320.html

探三郎 はどうでしょうか｡
私は､主にﾜｰﾄﾞﾌｧｲﾙで使っています｡
ただし､事前にｲﾝﾃﾞｯｸｽを作成する必要があります｡
http://www.vector.co.jp/soft/win95/util/se375929.html

PDFの内容(論文など)によってはMendeleyかな？
http://japan.elsevier.com/products/mendeley/mendeley_qrg_japanese.pdf

windwos7 64bitを使っているので
http://news.mynavi.jp/articles/2010/06/22/w7/002.html
こちらを使用しました所 検索できるようになりました！
ありがとうございました！