Ethnaについてはよくわかりませんが、独自セッションはcookieによるものですか?
cookieの扱いについて以下のページがありました。
あとはセッションIDでDBからデータを展開するだけだと思います。
このあたりは通常のDBの扱いと変わらないと思います。
で、これを毎回全アクションでやるわけですが、それがうまくいってますか?
フィルタチェインを使用すると良いみたいですよ。
http://ethna.jp/old/ethna-document-dev_guide-app-filterchain.html